Az ELTE kutatói új géneket keresnek extrém élőhelyeken egy új eszközzel.

Az ELTE PIT Bioinformatikai Csoportjának kutatói, Szalkai Balázs doktorjelölt és Grolmusz Vince professzor a „Genomics” folyóiratban megjelent cikkükben hozták nyilvánosságra a MetaHMM nevű ingyenes eszközt, amely nagy metagenomokban képes adott funkciójú, még ismeretlen géneket azonosítani, a mesterséges intelligencia eszközeit használva.

A biotechnológia és az orvostudomány kutatói nagy elvárásokkal tanulmányozzák a környezeti, a klinikai bakteriális és virális mintákban megtalálható új géneket. Óriási jelentőségük lehet az ilyen kutatásoknak, mert a szakértők szerint jelenleg kevesebb, mint 1%-át ismerjük az összes mikroorganizmusnak. Az ismeretlen baktériumokban és vírusokban található fehérjék, enzimek milliói rengeteg még kiaknázatlan lehetőséget hordoznak magukban.

Az elmúlt néhány évben fejlődött ki például a „kék biotechnológia”, amely a tengerekben található lények fehérjéinek felhasználását kutatja.

Ez azért is lehet érdekes, mert a tengerek mélyén uralkodó alacsony hőmérsékleten jóval hatékonyabb enzimekkel kell ugyanazokat a biokémiai reakciókat fenntartani, katalizálni, mint amilyenekre mondjuk az emberi testhőmérsékleten van szükség. Ezek az enzimek jobbak, gyorsabbak és olcsóbbak lennének, mint a biotechnológiában jelenleg használatosak.

A klinikai és környezeti mintákban levő bakteriális és virális DNS szekvenálása, azaz a metagenom meghatározása ma már nem nehéz feladat. Az eljárás a mintában levő sok ezer organizmus apró darabokra szabdalt DNS-szakaszainak összetételét tudja meghatározni. Legtöbbször az sem derül ki, mely két DNS rövid szakasz tartozik egyazon élőlényhez. Az ilyen adathalmazokból nem lehet összeállítani a még ismeretlen organizmusok  teljes DNS-ét, de sokkal rövidebb sorozatokat, az új géneket meg lehet határozni belőlük is.

A kutatók szerint az új eszköz biotechnológusoknak és orvoskutatóknak segíthet új géneket és így új enzimeket és fehérjéket találni a környezeti és klinikai minták legszélesebb spektrumán.

Az online eszköz ezen az oldalon érhető el.